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根据全疆87个重点农作物病虫测报站2015年秋季有害生物越冬基数调查结果，结合气象、栽培及种植结构等因素综合分析，预计2016年全疆农作物主要病虫害总体中等发生，部分病虫呈重发趋势。
其中玉米螟、棉叶螨、土蝗局部偏重发生；小麦条锈病、雪腐雪霉病在局部麦区流行风险较高；小麦白粉病、黑穗病、玉米叶螨、双斑萤叶甲、棉花黄萎病、棉盲蝽呈加重发生趋势。预计全疆农作物主要病虫害发生面积9120万亩次，2015年全疆病虫害发生面积8020万亩次，同比增加13.7%。
葡萄病虫害总体中等发生（3级），发生面积130万亩次。病害以霜霉病、白粉病、毛毡病为主，发生面积50万亩次。虫害以斑叶蝉、白星花金龟、介壳虫为主，发生面积80万亩次。发生区域南疆喀什、阿克苏、克州，东疆哈密、吐鲁番，北疆伊犁、昌吉。
