像酿制大多数葡萄酒一样，酿制马德拉酒首先需要收割，碾碎，搾汁，然后在不锈钢桶或橡橡木桶中发酵。每年的八月中旬至十月中旬是马德拉群岛收获的季节，九月是收获的黄金时段。
酿制甜味葡萄酒的葡萄品种，波尔(Boal) 和 玛尔维萨(Malvasia)，经常将葡萄皮一同发酵，以浸出更多酚类来平衡酒的甜度。使用舍西亚尔(Sercial)、华帝露（Verdelho） 和 黑莫乐(Tinta Negra Mole) 酿造干型马德拉酒时则会在发酵前把葡萄皮剥掉。根据不同的甜度水平需要，通过添加中性葡萄烈酒（酒精浓度96%以上）在特定时候中止发酵过程。低廉的马德拉酒，不管使用何种葡萄，通常会将酒水发酵至完全干，对酒进行“加强”，以便在Estufagem 陈酿过程中馅酒精不会蒸发掉。最后人工对酒液进行加糖和着色 。最终酒液的酒精浓度在17-22%，根据酒类型不同，糖分含量在每升0-150克不等。
蒸汽室法（ Estufagem）酿造工艺
使得马德拉酒与众不同的是其独特的蒸汽室法（ Estufagem）陈酿工艺，这一陈酿工艺旨在复制陈酿酒的木桶海上长途航行时通过热带气候地带时带来的影响。按照最终酿出酒水的成本和品质划分，主要有三种方法来加热陈酿中的酒：
Cuba de Calor：这是最常用的方法，用来生产低成本的马德拉酒，使用热线圈或管子绕在不锈钢或混凝土罐子上，使用热水对其加热。在马德拉葡萄酒协会监管下，酒液被加热到高达55 °C（130 °F），并持续加热至少90天。
Armazem de Calor：只有马德拉葡萄酒协会使用这种方法，将酒储存在大木桶中，放在一个专门设计的房间，房间配备蒸汽罐或蒸汽管给房间加热，将整个房间变成一个桑拿房。这一过程以一种更加温柔的方式加热酒，历时6个月至超过1年。
Canteiro：用来生产最高质量的马德拉酒，这些酒没有使用任何人工加热的方法，酒厂将酒存储在温暖的房间中，在太阳的照射下自然加热。诸如年份马德拉酒，加热过程可能持续20年乃至上百年。
马德拉酒风味，在很大程度上取决于这种蒸汽室法陈酿工艺，加速使酒更加醇美，并最大程度的进行二次发酵，实际上，起到了巴氏杀菌的效果。此外，酒液故意暴露在空气中，使其氧化。生产出来的葡萄酒具有类似茶色波特酒的色泽。在过去曾使用焦糖色等色素给予酒水类似的效果，虽然这种做法正在减少。葡萄酒品酒师有时也使用马德拉式来描述一个储存过程中暴露空气中过分加热的葡萄酒，他们称之为“烹饪过”的酒。
马德拉式氧化
马德拉酒生产过程中对酒液加热和氧化的过程被称为马德拉式氧化（英语：Maderisation或英语：Maderization）。这一过程会导致酒色泽变深，并使酒液产生类似雪利酒的味道。对于马德拉酒，这一过程是人为控制的，而且是在木桶中发生的。然而，对于几乎所有的葡萄酒，都有可能因为加温和氧化发生马德拉式氧化。对于除马德拉酒之外的葡萄酒，发生马德拉式氧化通常被认为是酒液变质的表现。然而，对于某些甜酒，当它们装瓶后发生马德拉式氧化，这种变化过程反而是有利的。
马德拉酒的储存
暴露在高温度和氧气中使得马德拉酒更加稳定，开瓶后马德拉酒可以保存很长时间不会变质，甚至可以存放长达一年。妥善密瓶后，它是保存时间最长的葡萄酒之一。已知马德拉酒在良好的条件下保存了超过150年。因此在专门触手罕见葡萄酒的商店，标著上世纪年头的马德拉酒并不罕见。已知年份马德拉酒可追溯至1780年。已在市场上最古老的一瓶年份马德拉酒是1715的 Terrantez 葡萄酿酒。
在人工制冷技术发明以前，在那些不合适建造酒窖的地区（如在美国南部的部分地区），马德拉酒特别珍贵。因为不像其他许多优良的葡萄酒，马德拉酒可以度过炎热夏季而不会变味。
尽管如此，开瓶之后马德拉酒最好不要保存在高温、日晒或潮湿的地方，并在6周内喝掉。
