酿造马德拉酒的葡萄品种主要有五种，“大众”红葡萄品种黑莫乐(Tinta Negra) ，以及四大“贵族”白葡萄品种：舍西亚尔(Sercial)、韦尔德罗(Verdelho)、布尔(Bual) (Boal)、玛尔维萨(Malmsey)。席卷整个欧洲的根瘤蚜虫侵袭之后，“贵族”品种几近灭绝。
在1993年明确规定酒标上标示的葡萄品种必须达到85%之前，即使酒标上标示的是贵族品种，很多时候可能只是用大量 黑莫乐 混调而成。所以在1993年之后，大家发现贵族品种酿造的马德拉瞬间少了很多，因为根本就没有这么多贵族品种。
目前种植面积最多的依然是黑莫乐，被视为相对四大贵族葡萄次一等的品种，“不死”能力当然也比不上贵族品种。黑莫乐主要用于混调，法律也规定酒标上不可标示这一品种。一般混调马德拉只会根据甜度标示“Dry（Seco）”、“Medium Dry（Melo Seco）”、“Medium Sweet”、“Medium Rich（Melo Doce）”、“Rich（Doce）”、“Sweet”这样的字眼。
四大贵族品种除了代表各自的酒款，也代表了不同的甜度。舍西亚尔是四大贵族中最不甜的，葡萄主要分布在最凉爽、海拔最高（800米）的北部，一般花更长时间成熟。舍西亚尔酸度很高，陈年后会发展出坚果、扁桃仁香味。非常适合搭配山羊芝士、烟熏鱼块，以及寿司。
韦尔德罗比舍西亚尔更甜，充满香料、叶子、核果的香味。葡萄同样分布在北部，海拔高度比舍西亚尔低（400米），所以酸度稍低。韦尔德罗是四大贵族葡萄中种植量最高的。陈年后在保持高酸度的同时，还发展出类似烟熏的复杂气息。适合搭配烟熏野味、洋葱汤。
布尔的甜度又比韦尔德罗更高，它成熟需要更高的温度，所以主要分布在较温暖、海拔更低（100～300米）的南部。布尔 的陈年能力很强，能够发展出类似葡萄干的香味。可搭配陈年芝士、雪茄。
四大贵族最甜的就是玛尔维萨，主要分布在南部，也有少量种植在低海拔（150～200米）的北部。这可是岛上第一个种植的品种，也是拿破仑最后被流放到圣赫勒拿岛时的“伴侣”。玛尔维萨香气丰富，口感丰盈，适合搭配胡桃、蓝纹芝士、黄油饼干。
其实岛上还有另外两种贵族葡萄 —— 特伦太(Terrantez)& 巴斯塔都(Bastardo)，可这两种葡萄已经所剩无几，非常罕见。有时还会看到用三种麝香葡萄（Moscatel）做的超甜马德拉，主要用于混调。还有一种马德拉称为“雨水”（Rainwater），这一风格的口感相对更轻盈，甜度类似于 韦尔德罗，深受美国人欢迎。
它的出现无从考究，有的说因为酿酒葡萄来自灌溉资源有限的葡萄园，只能靠雨水，因而得名。有的说因为当初有一批准备运到美国的马德拉，不小心被遗忘在码头，被雨水淋了一夜，将酒稀释。商家直接把稀释过的酒当成一种全新的风格运到美国，反应却意外地好。
