勃艮第种植的葡萄品种主要有两种，一种是黑皮诺(Pinot Noir)，另外一种则是霞多丽(Chardonnay)。不同于波尔多地区，勃艮第大多采用单一葡萄品种来酿造，更能显出品种的特色以及不同年份的差异感。
勃艮第的红葡萄酒大多用黑皮诺酿造(勃艮第的高贵品种)，最适合种植在金丘的石灰质黏土上。而黑皮诺在其他地区或国家都表现不佳，是世界公认的难以种植的品种。黑皮诺喜欢比较凉爽的生长环境，果皮薄，果实脆弱，容易腐烂，如果日照过多，则将失去那甜美的鲜果芳香。
因此，黑皮诺的品质也是最飘忽不定的，在上好的年份，用黑皮诺可以酿出世界上最好的红葡萄酒。上好的黑皮诺在年轻时，新鲜的莓果香气突出，清新甜美，而成熟后，则换成完全不同的风味，香气复杂多层次，如巧克力、蜜饯、烤肉、烟熏等味道，香气一层层浮现出来，又瞬间即逝，让人捕捉不到却又沉醉其中，口感细腻优雅，就像是一支钢琴协奏曲，每个音符都恰到好处。虽然勃艮第的酒质量不是很稳定，但所有的勃艮第酒迷都愿意努力寻找和尝试，以品尝到一瓶最好的勃艮第美酒为至上享受，甚至有的瘾君子整夜地守候在一瓶上好年份黑皮诺身边，等着它的慢慢地苏醒，就如同等候那昙花一现，捕捉它的每一个微小的变化。
霞多丽葡萄被称为白葡萄中的皇后，它和黑皮诺不同的就是适应能力非常强。在各种气候条件下，都会有上佳表现，因此它也是世界上种植最为广泛的白葡萄品种。霞多丽的主要特点是香气多变，浓郁饱满，寒冷地区常常呈现出柠檬、柑橘的味道，温带地区则更多出现苹果、梨子的香气，炎热地带则呈现出热烈的菠萝、芒果的甜香。有人这样形容霞多丽，犹如一块白布，任凭有想象力的酿酒师尽情发挥，便可以酿造出风格迥异的白葡萄酒。
同样在勃艮第一个地方，同样是霞多丽酿出的葡萄酒，风格不尽相同，在南勃艮第具有较明显的花香和果香，以酸度为主，勃艮第金丘的霞多丽，呈现出更多的黄油和香草风味，口感肥厚圆润，而在以夏布利为代表的北勃艮第，偏于矿物气息，口感显得冷峻而尖锐。霞多丽也是勃艮第气泡酒的主要原料。
除此之外，勃艮第地区还种植着一些其他葡萄品种，红葡萄佳美(Gamay)主要种植在勃艮第南部的马贡(Macon)地区, 主要用于和黑皮诺混合调配，酿造较便宜的勃艮第大区酒，勃艮第北部的欧塞瓦大区的伊朗西产地(Irancy)，种有一些 凯撒(Cesar)红葡萄，风格粗犷、艰涩。白葡萄品种最有代表性的是阿里高特(Aligote)，口味清淡，高酸爽口，除可以生产解渴的干白外，还非常适合酿造起泡酒，生产阿里高特最著名的产地是布哲宏(Bouzeron)。其余的白葡萄品种，如长相思，最出名的是夏布利大区的圣布里(Saint-bris)。此外，勃艮第还种有少量的白皮诺和灰皮诺，但并不单独以法定产区装瓶。
